Đội tuyển quốc gia Argentina

Năm 1998 Bielsa được giao nhiệm vụ làm huấn luyện viên trưởng tại Espanyol nhưng ông sớm từ chức sau khi nhận lời đề nghị tới làm việc tại đội tuyển bóng đá quốc gia Argentina trong năm sau đó; ông tiếp quản đội bóng sau quãng thời gian bốn năm Daniel Passarella tại vị. Argentina giành chiến thắng ở World Cup 2002 nhưng không vượt qua được vòng đấu loại trực tiếp đầu tiên.[6] Mặc dù vậy, Bielsa được trao cơ hội thứ hai để dẫn dắt Argentina đi tới thành công lớn và ở lại vị trí của ông. Albicelestes là á quân Copa América 2004 và đoạt tấm huy chương vàng của Thế vận hội Mùa hè 2004.[7] Đội bóng của ông trở thành đội bóng Mỹ Latin đầu tiên giành được huy chương tại kỳ Thế vận hội ở môn bóng đá kể từ năm 1928, khi Argentina đánh bại Paraguay trong trận chung kết.[8] Bielsa từ chức vào cuối năm 2004 và José Pekerman trở thành người kế nhiệm của ông tại Argentina.[9]

Đội tuyển quốc gia Chile

Dưới sự dẫn dắt của ông đội tuyển bóng đá quốc gia Chile trải qua những cái nhất tích cực và tiêu cực trong lịch sử. Lần đầu tiên trong lịch sử, Chile có khả năng kiếm được một điểm khi chơi trước Uruguay tại Montevideo. Chile cũng chịu thất bại nặng nề nhất từ trước đến nay khi chơi trên sân nhà trong trận thua vòng loại 3-0 trước Paraguay. Thành tích tồi tệ này còn lặp lại khi Chile để thua 3-0 trước Brazil, đánh dấu thất bại sân nhà trước Brazil trong một trận đấu vòng loại trong 50 năm trở lại đây. Ngày 15 tháng 10 năm 2008, Bielsa vạch ra chiến thuật đánh bại Argentina 1-0; đây là chiến thắng đầu tiên của Chile trước Argentina trong một trận đấu chính thức và thúc đẩy sự ra đi của huấn luyện viên Argentina Alfio Basile.[10]

Athletic Bilbao

Ngày 3 tháng 10 năm 2011, Bielsa, một người mộ đạo Công giáo đã đến thăm Poor Clares của Guernica bên cạnh vợ mình. Ông muốn họ cầu nguyện cho đội bóng của ông, những gì họ từng làm từ trước đến nay.[11] Việc ký hợp đồng của tiền vệ U-21 Tây Ban Nha Ander Herrera được thống nhất trước khi kết thúc mùa giải, mặc dù ngôi sao trẻ này quyết định ở lại với câu lạc bộ khởi nghiệp Real Zaragoza giống như một thái độ tôn trọng khi họ chiến đấu chống xuống hạng. Tuy nhiên các cầu thủ bắt đầu điều chỉnh một số thay đổi khi mùa giải phát triển và sau chiến thắng sân khách trước kình địch địa phương Real Sociedad. Bilbao có một phong độ tốt trong mùa thu bao gồm thắng lợi trước Paris St-Germain, Osasuna và Sevilla cũng như những trận hòa không tưởng với Valencia và Barcelona, đồng thời chỉ đánh rơi điểm số trước đối thủ mới thăng hạng Granada.[12] Đội bóng cũng kết thúc trong tốp đầu bảng đấu tại Europa League và đánh bại Lokomotiv Moskva ở vòng 32 đội. Sau đó Athletic còn dẫn trước Manchester United và trong chiến thắng ấn tượng 3-2 ở trận lượt đi tại Old Trafford, tiếp tục loại Quỷ đỏ khỏi vòng nốc ao với thắng lợi 2-1 trên sân nhà. Trong trận tứ kết, câu lạc bộ tiếp đón Schalke và thắng trận lượt đi 4-2, mặc dù bị dẫn trước 2-1 nhờ cú đúp của Raúl ở phút 72. Bilbao thủ hòa 2-2 với Schalke trong trận lượt về, qua đó lọt vào vòng bán kết Europa League với tổng tỉ số thuận lợi 6-4, để chạm trán Sporting Lisbon.[13][14][15]

Marseille

Ngày 2 tháng 5 năm 2014, chủ tịch Olympique de Marseille Vincent Labrune công bố việc thuê Bielsa làm huấn luyện viên trưởng đội bóng của ông trên đài phát thanh Pháp. Trước đó Labrune xác nhận một thỏa thuận theo nguyên tắc đã đạt được sau trận hòa 0-0 của câu lạc bộ với Lille ở Ligue 1 ngày 20 tháng 4. Bielsa ký hợp đồng hai năm để bắt đầu làm việc sau kì FIFA World Cup 2014, do đó trở thành huấn luyện viên người Argentina đầu tiên của câu lạc bộ.[16]

Ngày 8 tháng 5 năm 2015, sau khi thất bại trận mở màn Ligue 1 gặp Caen, việc Bielsa tuyên bố từ chức là kết quả của những xung đột với người quản lý của ông.[17]

Lazio

Ngày 6 tháng 7 năm 2016, Bielsa được bổ nhiệm làm huấn luyện viên của Lazio.[18] Ngày 8 tháng 7 năm 2016, Bielsa đồng ý từ chức huấn luyện viên Lazio chỉ sau hai ngày được bổ nhiệm.[19] Lazio đã đưa ra hành động pháp lý chống lại Bielsa vì vị phạm hợp đồng, kiện ông 50 triệu €.[20]